Os anos seguintes foram uma sequência de atrasos, paralisações, adiamentos da entrega e aumentos no orçamento. Em 2010, na despedida do seu segundo mandato, Lula informou que a obra, inicialmente projetada para aquele ano, ficaria pronta em 2012.

Em 2011, a presidente Dilma Roussef afirmou que ficaria pronta em 2013. No entanto, ao fim de 2013, a ferrovia tinha pronto apenas 383 dos 1.753 quilômetros previstos.

Em 2012, na projeção do PAC 2, a Transnordestina já estava orçada em R$ 7,5 bilhões. Dentro das estimativas do PAC 2, a previsão era que a ferrovia ficasse pronta apenas em janeiro de 2017, ou seja, mais de dez anos após o lançamento.

Em 2016, dez anos depois do início das obras, a Transnordestina tinha cerca de 600 quilômetros prontos, dos 1.753 esperados.

A situação levou o Ministério Público a apresentar uma denúncia junto ao Tribunal de Contas da União (TCU) sobre possíveis irregularidades nos contratos de construção e exploração da ferrovia.

A obra da Transnordestina é financiada, basicamente, com recursos privados da Companhia Siderúrgica Nacional (CSN), por meio do TLSA, e com recursos públicos do governo federal.

Pelo governo federal, o dinheiro público chega à obra por meios como:

• Infra (antiga Valec), empresa estatal do Ministério da Infraestrutura;
• Fundo de Investimento do Nordeste (Finor), do Banco do Nordeste do Brasil (BNB)
• Banco Nacional do Desenvolvimento Econômico e Social (BNDES)
• Fundo de Desenvolvimento do Nordeste (FDNE), da Superintendência de Desenvolvimento do Nordeste (Sudene)

Em maio de 2016, o TCU proibiu que o governo federal repassasse mais dinheiro para a obra por causa de “diversas irregularidades na execução da construção e no valor real dos investimentos”.

Em junho do mesmo ano, porém, o tribunal voltou a permitir o envio de dinheiro, exigindo que a TSLA e o governo apresentassem um novo estudo de viabilidade técnica e um novo orçamento.

Em 2017, a TLSA falava que, corrigida a inflação, o custo total da obra seria R$ 11,2 bilhões, mais que o dobro dos R$ 4,5 bilhões previstos inicialmente. Àquela altura, desse valor previsto de R$ 11,2 bilhões, já haviam sido gastos R$ 6,4 bilhões.

Em janeiro de 2017, o TCU determinou novamente a suspensão completa de repasses do governo, por meio da estatal Infra ou pelos fundos oficiais (Finor, FDNE) que financiavam a construção da ferrovia. Sem o dinheiro público, TSLA paralisou efetivamente as obras da Transnordestina.

Entre 2017 e 2018, o governo federal e TLSA discutiram inúmeras propostas para retomar as obras da Transnordestina.

Em novembro de 2018, à Câmara dos Deputados, a TLSA afirmou que a obra não ficaria pronta antes de 2027 e ainda precisaria de R$ 6,7 bilhões além dos R$ 6,4 bilhões já gastos. O orçamento total de R$ 11,2 bilhões, portanto, subiu para R$ 13,2 bilhões.

Com as negociações, a expectativa era retomar as obras da Transnordestina em 2019. E, de fato, elas foram parcialmente retomadas, apenas com os recursos privados da TLSA. O trecho retomado foi da Fase 1 (do Porto do Pecém, no Ceará, a São Miguel do Fidalgo, no Piauí), mas andava a passos lentos.

Em 27 de julho de 2022, mais de cinco anos depois da proibição, o Tribunal de Contas da União liberou que o governo federal fizesse novos aportes financeiros na obra, desde que a TLSA fornecesse um novo cronograma possível para conclusão. Em outubro de 2022, o governo de Jair Bolsonaro anunciou a retomada das obras da Transnordestina.

Em dezembro de 2022, contudo, a TLSA assinou um aditivo do contrato com o governo federal no qual resolvia devolver a concessão da chamada fase 3, isto é, o trecho ferroviário Salgueiro-Suape, que ligaria o porto pernambucano a Eliseu Martins (PI) e ao Pecém (CE). Portanto, a empresa decidiu que não iria mais tocar esta etapa da obra.

Quando a TLSA abriu mão da fase 3, já tinham sido executados 193 km. Portanto, faltavam cerca de 354 km. Desde então e até hoje, as obras desse trecho estão parada.

Atualmente, a TLSA é responsável pela construção e tem o direito de exploração somente das fases 1 e 2 da Transnordestina, ou seja, o trecho Eliseu Martins (PI) ao Pecém (CE) via Salgueiro (PE), com extensão de 1.206 quilômetros.

Dados de janeiro de 2024 apresentados pela TLSA ao TCU mostram que este trecho está 61% pronto. Ou seja, possui cerca de 735 dos 1.206 km concluídos.

A fase 1 da obra, com 1.040 quilômetros, a maior parte atravessando o Ceará, tem previsão de ficar pronta até 2027. Já a fase 2, de 166 quilômetros, no Piauí, deve ser concluída somente em 2029, de acordo com a TLSA.

No mesmo relatório do TCU, a empresa aponta que já foram consumidos, até agora, R$ 7,9 bilhões. Contudo, em 2023, o diretor-presidente da TLSA, Tufi Daher Filho, afirmou que ainda seriam necessários R$ 7,8 bilhões para concluir o restante da obra.

Somados aos R$ 7,9 bilhões já gastos, isso elevaria o orçamento total da obra para R$ 15,7 bilhões. E isso apenas para entregar a ligação entre o Porto do Pecém (CE) e Eliseu Martins (PI), enquanto o projeto inicial previa gastar R$ 4,5 bilhões para realizar essa conexão e ainda ligar os dois pontos ao Porto do Suape (PE).

No fim de 2023, o governo federal anunciou que iria retomar as obras da fase 3 da Transnordestina em Pernambuco, o trecho ferroviário entre Salgueiro e Suape do qual a TLSA desistiu. Essa retomada seria incluída no Novo PAC e dessa vez seria inteiramente bancada pelos cofres públicos, com um valor estimado de R$ 4 bilhões.